KDV Kanununun geçici 20. maddesine göre; - Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununa göre teknoloji geliştirme bölgesinde faaliyette bulunan girişimcilerin kazançlarının gelir veya kurumlar vergisinden istisna bulunduğu süre içinde, - Münhasıran bu bölgelerde ürettikleri ve sistem yönetimi, veri yönetimi, iş uygulamaları, sektörel, internet, mobil ve askeri komuta kontrol uygulama yazılımı şeklindeki teslim ve hizmetleri KDV’den müstesnadır.

1. Kısmi İstisna Ne Anlama Gelmektedir? KDV istisnasında temel mantık, satılan mal ve hizmet bedelleri üzerinden KDV hesaplanmamasıdır.

Örneğin, teknoparkta faaliyet gösteren bir firmanın 100.000 TL tutarındaki yazılım satışı üzerinden 18.000 TL KDV hesaplanmayacaktır. Teknopark dışındaki bir firmanın yazılım satışında ise 18.000 TL KDV fatura üzerinde yer alacak ve beyan edilecektir. Her aşamada eklenen değerin vergilendirilmesini amaçlayan KDV sisteminde indirim mekanizmasının ayrı bir önemi bulunur. İşte bu noktada “tam istisna” ile “kısmi istisna” arasındaki fark ortaya çıkar.

a) Tam istisna: Satış bedeli üzerinden KDV hesaplanmaz ve bu satışla ilgili olarak yüklenilen KDV indirim konusu yapılır. İndirim yoluyla giderilemeyen KDV ise vergi dairesinden iade alınır. KDV Kanunun 32. maddesi kapsamında, Kanunun 11, 13, 14, 15 ve 17/4-s maddeleri ile geçici 26, geçici 29, geçici 30 ve geçici 34. maddelerince vergiden istisna edilmiş bulunan işlemlerle ilgili fatura ve benzeri vesikalarda gösterilen KDV, mükellefin vergiye tabi işlemleri üzerinden hesaplanacak KDV’den indirilmekte; vergiye tabi işlemlerin mevcut olmaması veya hesaplanan verginin indirilecek vergiden az olması hallerinde indirilemeyen KDV, bu işlemleri yapanlara iade olunmaktadır.

Örneğin; (X) A.Ş. 70.000 TL’ye mal almış ve bu alım için 10.000 TL KDV ödemiştir. Şirket bu malları yurt dışına 100.000 TL’ye ihraç etmiş ve faturada KDV hesaplamamıştır. Buna göre şirket, daha önce ödemiş olduğu 10.000 TL’yi KDV beyannamesi üzerinde indirim konusu yapacaktır. Devreden verginin yüksek olması nedeniyle 10.000 TL indirim yoluyla telafi edilemezse, iadeye konu olabilecektir. 

b) Kısmi istisna: Kısmi istisna uygulamasında da satış bedeli üzerinden KDV hesaplanmaz. Ancak, daha önceki aşamada bu satışla ilgili yüklenilen KDV’ler, KDV beyannamesi üzerinde indirim konusu yapılamaz; yapıldı ise “İlave Edilecek KDV” satırı kullanılarak KDV beyannamesine tekrar eklenir. Kısmi istisnada doğal olarak KDV iadesi de söz konusu değildir. KDV Kanunundaki kısmi istisnalarda kural, vergiden istisna edilmiş işlemlerde indirim mekanizmasının engellenmesidir. Kanunun 30/a maddesine göre, vergiye tabi olmayan veya vergiden istisna edilmiş bulunan malların teslimi ve hizmet ifası ile ilgili alış vesikalarında gösterilen veya bu mal ve hizmetlerin maliyetleri içinde yer alan KDV, mükellefin vergiye tabi işlemleri üzerinden hesaplanan KDV’den indirilemez.

Örneğin; (X) A.Ş. 10.000 TL’ye satın aldığı ve 1.800 TL KDV ödediği bir malı Devlet okuluna bağışlayacaktır. Kısmi istisna kapsamında olan bu bağış işlemi dolayısıyla yüklenilen 1.800 TL KDV indirim konusu yapılamayacaktır. İndirim konusu yapılamayan bu vergiler, gelir ve kurumlar vergisi matrahlarının tespitinde işin mahiyetine göre gider, maliyet veya kanunen kabul edilmeyen gider olarak  dikkate alınabilmektedir. İndirilemeyecek KDV koşulları sonradan oluşmuş ve yüklenilen KDV’nin daha önce indirim konusu yapılmış olması durumunda, bu tutarların indirilemeyecek KDV haline dönüştüğü vergilendirme dönemine ait 1 No.lu KDV Beyannamesinin “İlave Edilecek KDV” satırına dahil edilmesi suretiyle indirim hesaplarından çıkarılması gerekir. İndirim konusu yapılamayan KDV’nin, Gelir ve Kurumlar Vergisi Kanunlarına göre hangi durumlarda gider, hangi durumlarda maliyet unsuru olarak dikkate alınacağını detaylandırmak gerekirse: - İndirim konusu yapılamayan KDV’nin ilgili olduğu harcama, gelir tablosu hesaplarında doğrudan gider yazılabilecek bir kalemse, KDV de doğrudan gider hesapları ile ilişkilendirilecektir. - İndirim konusu yapılamayan KDV’nin ilgili olduğu harcama, amortismana tabi iktisadi kıymetlere ilişkinse, KDV de aktifte yer alan ilgili maliyet hesabına atılacak ve amortisman yoluyla itfa edilecektir.

2. Teknokentlerde Yüklenilen KDV’ler ile İlgili İşlemler Teknokentlerde yer alan işletmelerin yazılım projeleri dolayısıyla yüklendikleri KDV’ler ile ilgili olarak çeşitli şekillerde işlem yaptıkları görülmektedir.

Bu çerçevede;

- Proje süresince yüklenilen KDV’ler, “191. İndirilecek KDV” hesabına atılmakta, KDV beyannamesi üzerinde indirim konusu yapılmakta, proje sonunda ise KDV beyannamesinin “İlave Edilecek KDV” bölümüne eklenmekte ve proje maliyeti olarak dikkate alınmakta,
- Yüklenilen KDV’ler, “191. İndirilecek KDV” hesabına atılmakta, KDV beyannamesine indirim olarak dahil edilmemekte ve her ayın/her 3 ayın sonunda indirim hesaplarından çıkarılarak maliyet hesaplarına aktarılmakta,

- Yüklenilen KDV’ler, doğrudan maliyet hesaplarına atılmakta ve bunlara benzer yöntemler çerçevesinde işlem tesis edilmektedir.

a) Yazılım projesinin başarılı olması ve seri üretime tabi olmaksızın yurt içine satılması durumunda, kısmi istisna dolayısıyla yüklenilen KDV’ler indirim konusu yapılamaz ve yazılım maliyeti olarak dikkate alınır.
b) Yazılım projesinin başarısız olması durumunda da, KDV Kanununun 30/d maddesine göre, yüklenilen KDV’ler yine indirim konusu yapılamaz ve yazılım maliyeti olarak dikkate alınır.
c) Öte yandan, yazılım projesi sonucu ortaya çıkan ürün seri üretime tabi tutularak satışa konu edilirse, kazanç ve satış bedelinin gayrimaddi hakka isabet eden tutarı dışında kalan bölümü kurumlar vergisi ve KDV’ye tabi olacağından, yüklenilen KDV’nin bu kısma isabet eden tutarı da indirim konusu yapılabilecektir.
d) Ayrıca, teknokentte üretilen yazılımların ihraç edilmesi veya savunma sanayi kuruluşlarına satılması durumunda da, tam istisna hükümleri uygulanacak ve yüklenilen vergiler indirim konusu yapılabilecektir. Başka bir deyişle, yazılım projesi sonuçlanıp satış şekli belirlenmeden “İndirilecek KDV’nin” maliyet hesaplarına atılması, işletmelerin aleyhine olacak ve KDV indirim hakkının kaybedilmesi durumu ortaya çıkacaktır. Böylece, teknokentlerdeki işlemler dolayısıyla yüklenilen KDV’ler maliyet hesaplarına atılmamalı ve projenin sonucunda yapılan işlemler beklenmelidir. Teknokentte yer alan işletmelerin her bir yazılım projesi itibariyle “yüklenilen” ve “devreden” KDV’lerini muhasebe hesaplarının alt kırılımlarında takip etmeleri gerekir.