Genel olarak, Hazineye, kamu kurumlarına veya üniversitelere ait araziler yönetici şirketlere uzun süreli (40 – 50 yıl) tahsis edilmektedir. Bu tahsisler sonucunda, yönetici şirketler arsa üzerine inşaatlar yapmakta, arsa sahibi kurum veya kuruluşlara kira ödemekte ve/veya teknokentteki şirketlerden elde edilen kiralardan pay vermektedirler.

Bu çerçevede, teknokent yönetici şirketleriyle arsa sahibi kurumlar arasında kiralama karşılığı inşaat sözleşmesi imzalanmakta, inşaatı yapan teknokent yönetici şirketi belli bir süre (genellikle 5 – 10 yıl arası) arsa sahibine kira ödememekte, sözleşme süresi bittikten sonra da normal kiralama işlemi sürecine dönülmektedir. 
 
Ayrıca, teknokentlerde bulunan şirketler de kullanacakları binaları kendileri inşa edebilmekte, belli bir süre kira ödemeden (veya cüzi bir kira ödeyerek) binaları kullanmakta ve binaların mülkiyeti de yönetici şirketlere ait olmaktadır.  

Kiralama karşılığı inşaat işleriyle ilgili olarak Gelir İdaresi 2013 yılında görüş değişikliğine gitmiş ve uygulamayı aşağıdaki şekilde yönlendirmiştir. 
Vergi Usul Kanununun; - “Faturanın Tarifi” başlıklı 229. maddesinde, “Fatura, satılan emtia veya yapılan iş karşılığında müşterinin borçlandığı meblağı göstermek üzere emtiayı satan veya işi yapan tüccar tarafından müşteriye verilen ticari vesikadır.” - “Faturanın Nizamı” başlıklı 231/5 maddesinde, “Fatura malın teslimi veya hizmetin yapıldığı tarihten itibaren azami yedi gün içinde düzenlenir. Bu süre içerisinde düzenlemeyen faturalar hiç düzenlenmemiş sayılır.” hükümleri yer almaktadır.

Aynı Kanunun “Maliyet Bedeli” başlıklı 262. maddesinde, maliyet bedelinin, iktisadi bir kıymetin iktisap edilmesi veyahut değerinin artırılması münasebetiyle yapılan ödemelerle bunlara müteferri bilumum giderlerin toplamını ifade edeceği; “Emsal bedeli ve Emsal Ücreti” başlıklı 267. maddesinde, gerçek bedeli bilinmeyen veya doğru olarak tespit edilemeyen bir malın değerleme gününde satılması halinde emsaline nazaran haiz olacağı değerin emsal bedel olduğu, emsal bedelin tespitinde sırası ile birinci sırada yer alan ortalama fiyat esası, ikinci sırada yer alan maliyet bedeli esası veya üçüncü sırada yer alan takdir esasından herhangi birinin kullanılacağı ve “Gayrimenkuller” başlıklı 269. maddesinde de, iktisadi işletmelere dahil bilumum gayrimenkullerin maliyet bedelleri ile değerleneceği hüküm altına alınmıştır.

Diğer taraftan, Kanunun 272. maddesinde, “Normal bakım, tamir ve temizleme giderleri dışında, gayrimenkulü veya elektrik üretim ve dağıtım varlıklarını genişletmek veya iktisadi kıymetini devamlı olarak artırmak maksadıyla yapılan giderler, gayrimenkulün veya elektrik üretim ve dağıtım varlıklarının maliyet bedeline eklenir. …
Gayrimenkuller kira ile tutulmuş ise veya elektrik üretim ve dağıtım varlıklarının işletme hakkı verilmiş ise, kiracı veya işletme hakkına sahip tüzel kişi tarafından yapılan bir ve ikinci fıkralardaki giderler bunların özel maliyet bedeli olarak ayrıca değerlenir. Kiracının veya işletme hakkına sahip tüzel kişinin faaliyetini icra için vücuda getirdiği tesisata ait giderler de bu hükümdedir…” hükmüne yer verilmiştir.

Gelir Vergisi Kanununun 38. maddesinde, bilanço esasına göre ticari kazancın, teşebbüsteki öz sermayenin hesap dönemi sonunda ve başındaki değerleri arasındaki müspet fark olduğu, bu dönem zarfında sahip veya sahiplerce işletmeye ilave olunan değerlerin bu farktan indirileceği, işletmeden çekilen değerlerin ise farka ilave olunacağı, ticari kazancın bu suretle tespit edilmesi sırasında Vergi Usul Kanununun değerlemeye ait hükümleri ile bu Kanunun 40 ve 41. maddeleri hükümlerine uyulacağı hükme bağlanmıştır. Anılan Kanunun 40. maddesinde de, safi kazancın tespit edilmesinde indirilecek giderler sayılmış olup maddenin birinci fıkrasının (1) numaralı bendinde de ticari kazancın elde edilmesi ve idame ettirilmesi için yapılan genel giderlerin safi kazancın tespitinde indirilebileceği hükme bağlanmıştır.

Anılan Kanunun 70. maddesinde gayrimenkul sermaye iradının tarifi yapılmış ve maddede 8 bent halinde yazılı mal ve hakların sahipleri, mutasarrıfları, zilyetleri, irtifak ve intifa hakkı sahipleri veya kiracıları tarafından kiraya verilmesinden elde edilen iratların gayrimenkul sermaye iradı olduğu belirtilmiş olup 72. maddesinde de, gayrimenkul sermaye iratlarında gayrisafi hasılatın 70. maddede yazılı mal ve hakların kiraya verilmesinden bir takvim yılı içinde o yıla veya geçmiş yıllara ait olarak nakden veya aynen tahsil edilen kira bedellerinin tutarı olduğu; ayın olarak tahsil edilen kiraların Vergi Usul Kanunu hükümlerine göre emsal bedeli ile paraya çevrileceği; kiracı tarafından gayrimenkulü genişletecek veya iktisadi değerini devamlı suretle arttıracak şekilde gayrimenkule ilave edilen kıymetlerin, kira müddetinin hitamında bedelsiz olarak kiralayana devrolunduğu takdirde, mezkur kıymetlerin kiralayan bakımından, bu tarihte aynen tahsil edilmiş sayılacağı, kıymetlerin emsal bedelinden düşük değerle devri halinde aradaki farkın bedelsiz devir sayılacağı hüküm altına alınmıştır.

Aynı Kanunun 72/4 maddesinde, kira olarak doğan alacağın başka şahsa temlikinin veya kiracısına olan borcu ile takasının tahsil hükmünde olduğu ifade edilmiştir. Kanunun 73. maddesinde ise, kiraya verilen mal ve hakların kira bedelinin emsal kira bedelinden düşük olamayacağı belirtilmiştir.
KDV Kanununun;
- 1/1 maddesinde, Türkiye’de ticari, sınai, zirai faaliyet ve serbest meslek faaliyeti çerçevesinde yapılan teslim ve hizmetlerin KDV’ye tabi olduğu,
- 1/3-f maddesinde, Gelir Vergisi Kanununun 70. maddesinde belirtilen mal ve hakların kiralanması işlemlerinin KDV’ye tabi olduğu,
- 27/1 maddesinde, bedeli bulunmayan veya bilinmeyen işlemler ile bedelin mal, menfaat, hizmet gibi paradan başka değerler olması halinde matrahın işlemin mahiyetine göre emsal bedeli veya emsal ücreti olduğu,
- 29/1 maddesinde, mükelleflerin yaptıkları vergiye tabi işlemler üzerinden hesaplanan KDV’den, bu Kanunda aksine hüküm olmadıkça, faaliyetlerine ilişkin olarak kendilerine yapılan teslim ve hizmetler dolayısıyla hesaplanarak düzenlenen fatura ve benzeri vesikalarda gösterilen KDV’yi indirebilecekleri,
- 29/3 maddesinde, indirim hakkının, vergiyi doğuran olayın vuku bulduğu takvim yılı aşılmamak şartıyla, ilgili vesikaların kanuni defterlere kayıt edildiği vergilendirme döneminde kullanılacağı, hükme bağlanmıştır.
Diğer taraftan, KDV Genel Uygulama Tebliğinin “I/C-2.1.2.3. Kiralama İşlemleri” başlıklı bölümünde, 5018 sayılı Kanuna ekli cetvellerde yer alan idare, kurum ve kuruluşların Tebliğin bu bölümü kapsamındaki kiralama işlemlerinde, kiracının KDV mükellefi olup olmadığına bakılmaksızın tevkifat uygulanmayacağı, bu durumda, söz konusu idare, kurum ve kuruluşların kiraya verme işlemleri dışında KDV’ye tabi işlemleri bulunmaması kaydıyla, 1 No.lu KDV Beyannamesini sadece kiralama işleminin gerçekleştiği dönemler için verecekleri belirtilmiştir.

Vergi Usul Kanununun "Mükellef ve Vergi Sorumlusu" başlıklı 8/3 maddesinde, "Vergi kanunlarıyla kabul edilen haller müstesna olmak üzere, mükellefiyete veya vergi sorumluluğuna müteallik özel mukaveleler vergi dairelerini bağlamaz." hükmüne yer verilmiştir.

Bu hüküm ve açıklamamalara göre;

- Akdedilen sözleşmeye istinaden inşa edilecek binalara ilişkin harcamaların özel maliyet bedeli olarak dikkate alınması mümkün bulunmayıp, arsa sahibine bina yapım hizmeti verilmek suretiyle inşa edilecek gayrimenkuller için yapılan harcamaların emsale uygun belirlenen bir kâr marjıyla ve binaların tamamlanıp cins tashihinin yapıldığı veya fiilen kullanılmaya başlandığı tarih itibariyle arsa sahibine fatura edilmesi gerekmektedir. Öte yandan, belirlenen bir kar marjıyla fatura edilen tutar üzerinden genel oranda (%18) KDV hesaplanacaktır.

- Kiralama karşılığı inşaat sözleşmesi süresinin sonuna kadar binaların kullanım hakkı inşa edene ait olduğundan, arsa sahibine fatura edilen ve “alacak” olarak kayıtlara intikal ettirilen tutarların, binanın kullanılmaya başlandığı tarihi müteakip sözleşmede belirtilen kira süresine bölünmek suretiyle hesaplanan kısmının ilgili yıllar itibariyle alacak tutarından düşülerek sözleşmeye istinaden ödenecek kira tutarı ile birlikte Gelir Vergisi Kanununun 40/1 maddesi uyarınca ilgili yıllar itibariyle kira gideri olarak dikkate alınması gerekmektedir. İnşaat bittikten sonra hesaben ödendiği kabul edilen kira bedelleri ile bu dönemi takip eden yıllarda ödenecek kira bedelleri üzerinden %18 KDV hesaplanacaktır.