5746 SAYILI KANUN YÖNETMELİĞİNDE YAPILAN DEĞİŞİKLİKLERE İLİŞKİN AÇIKLAMALAR                
14.02.2017 tarih ve 29979 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan “Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinde Değişiklik Yapılmasına Dair Yönetmelik”le, 5746 sayılı Kanun uygulamasında çeşitli değişikliklere gidilmiş ve Ar-Ge teşvikleri genişletilmiştir.              
Yapılan değişikliklerin bir kısmı açıklayıcı, bir kısmı ise teşvikleri genişletici niteliktedir. Bu düzenlemeler aşağıda kısaca açıklanmıştır.              
1) Yol ve Konaklama Giderlerinin Ar-Ge İndirimine Konu Edilmesi   Yönetmeliğin Ar-Ge indirimi bölümünde yer alan, “Ancak, Ar-Ge veya tasarım merkezleri alanı dışında geçirilen süreye ilişkin olarak; gerçek yol giderleri dâhil olmak üzere yol, konaklama, gündelik gibi adlar altında gider karşılığı olarak yapılan ödemeler ile sağlanan menfaatler Ar-Ge ve tasarım indirimine konu edilemez.” açıklaması yürürlükten kaldırılmıştır.   Böylece, Ar-Ge ve tasarım merkezi dışında geçirilen sürelerle ilgili yol, konaklama ve gündelik gibi giderler de, Ar-Ge indirimine konu edilebilecektir.  
2) Büro ve Kırtasiye Gibi Sarf Malzemelerine İlişkin Giderlerin Ar-Ge İndirimine Konu Edilmesi   Yönetmeliğin Ar-Ge indirimi bölümünde yer alan, “Ancak, büro ve kırtasiye gibi sarf malzemelerine ilişkin giderler bu kapsamda değerlendirilmez.” açıklaması 01.03.2016 tarihinden itibaren geçerli olmak üzere yürürlükten kaldırılmıştır.   Buna göre, Ar-Ge ve tasarım merkezlerinin, büro ve kırtasiye gibi sarf malzemelerine ilişkin giderleri Ar-Ge indirimi kapsamına alınmıştır. Ar-Ge ve tasarım merkezi dışında kalan ve Ar-Ge indiriminden yararlanan işletmeler ise bu giderleri dolayısıyla Ar-Ge indiriminden yararlanamaz.  
3) Posta, Kargo, Kurye ve Benzeri Giderler   Ar-Ge Yönetmeliğine göre, Ar-Ge veya tasarım merkezlerinin haberleşme giderleri Ar-Ge indirimi kapsamındaydı.   Yönetmelik değişikliğiyle bu husus detaylı olarak açıklanmış ve Ar-Ge veya tasarım merkezlerinin posta, kargo, kurye ve benzeri haberleşme giderlerinin indirim kapsamında olduğu açıkça yazılmıştır.  
4) Dışarıdan Alınan Hukuki veya Bilimsel Danışmanlık Hizmetleri   Ar-Ge Yönetmeliğine göre, normal bakım ve onarım giderleri hariç olmak üzere, Ar-Ge ve yenilik veya tasarım faaliyetleriyle ilgili olarak işletme dışında yerli veya yabancı diğer kurum ve kuruluşlardan alınan; mesleki veya teknik destek, test, laboratuvar ve analiz hizmetleri ile bu mahiyetteki diğer hizmet alımları Ar-Ge indirimi kapsamındaydı.   Yeni Yönetmelikte, diğer hizmet alımları içinde değerlendirilebilecek, hukuki veya bilimsel danışmanlık hizmetleri de Yönetmeliğe açıkça yazılmış ve 5746 sayılı Kanundan yararlanan tüm işletmeler açısından Ar-Ge indirimi olarak değerlendirilmiştir.  
5) Yol ve Konaklamaya İlişkin Ödenen Tutarların Gelir Vergisi Stopaj Teşviki Kapsamına Alınması   Yönetmeliğin gelir vergisi stopaj teşviki bölümünde yer alan, “ç) Bu madde kapsamında Ar-Ge veya tasarım merkezleri alanı dışında gerçekleştirilen faaliyetler ile lisansüstü eğitim kapsamında dışarıda geçirilen sürelere ilişkin ücretlerden; gerçek yol giderleri dâhil olmak üzere yol, konaklama, gündelik gibi adlar altında gider karşılığı olarak yapılan ödemeler ile sağlanan menfaatler destek ve teşvik kapsamında değerlendirilmez.” açıklaması 14.02.2017 tarihinden itibaren geçerli olmak üzere yürürlükten kaldırılmıştır.   Böylece personelin Ar-Ge ve tasarım merkezi dışında geçirdiği sürelerle ilgili, yol, konaklama ve gündeliğe ilişkin ödenen tutarlar da gelir vergisi stopaj teşviki kapsamına alınmıştır.  
6) 5746 Sayılı Kanunun 3/A Maddesine İlişkin Uygulama Yöntemi   Kurumlar Vergisi Kanununda yer alan Ar-Ge indirimi uygulaması, 09.08.2016 tarihi itibarıyla yürürlükten kaldırılmış ve 5746 sayılı Kanuna eklenen 3/A maddesiyle yeniden ihdas edilmiştir.  

Böylece, 09.08.2016 tarihinden sonra Gelir İdaresi Başkanlığına başvuru yapılması uygulaması kaldırılmış ve Ar-Ge indirimi uygulamasında muhatap Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı olmuştur.  
3/A maddesi ve buna ilişkin Yönetmeliğin, Ar-Ge ve tasarım merkezlerindeki uygulamalara herhangi bir etkisi yoktur. Bu madde, Ar-Ge indiriminden yararlanılmasının yeni bir yöntemini göstermektedir.  
Konuya ilişkin Yönetmelik 14.02.2017 tarihinden geçerli olmak üzere yayımlanmış ve sürece ilişkin aşağıdaki şekilde belirleme yapılmıştır.   - Gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik Ar-Ge harcamaları tutarının %100'ü, bu kapsamdaki projelerin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla Ar-Ge indirimine konu edilir.  
- Gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, 09.08.2016 tarihinden itibaren 5746 sayılı Kanunun 3/A maddesi kapsamında yapılan başvurularına konu Ar-Ge projeleriyle ilgili indirim uygulamasında, bu bölümde yer alan hususlar dikkate alınır. 09.08.2016 tarihinden önce yapılan başvurulara konu projelerle ilgili olarak, Gelir ve Kurumlar Vergisi Kanunu uygulamasındaki (eski) hükümlere göre Ar-Ge indiriminden faydalanılır.  
- 3/A maddesi kapsamında Ar-Ge indiriminden faydalanılmaya başlanacağı döneme ait geçici vergi beyannamesinin verileceği tarihe kadar, Ar-Ge faaliyetiyle ilgili olarak Bakanlıkça belirlenecek formata uygun şekilde projeye ilişkin hazırlanacak başvuru formu, Bakanlığa elektronik veya yazılı olarak gönderilir. Ancak bu süre içinde başvurusu yapılmayan projeler ile ilgili olarak çalışmalara başlanıp harcama yapılmakla birlikte projenin herhangi bir aşamasında başvuruda bulunulması ve projenin uygun bulunması halinde, başvuru tarihinin içinde bulunduğu geçici vergilendirme döneminin başlangıcından itibaren yapılan Ar-Ge harcamaları Ar-Ge indiriminden yararlanabilir. Ar-Ge projesi bittikten sonra yapılan başvurular değerlendirmeye alınmaz.  
- Başvurusu yapılan proje, Bakanlık tarafından genel değerlendirmesi yapıldıktan sonra, bilimsel olarak incelenerek münhasıran yeni bilgi ve teknoloji arayışına yönelik olup olmadığının tespit edilmesi için TÜBİTAK’a gönderilir. Proje, TÜBİTAK tarafından aşağıdaki hususlar çerçevesinde incelenir ve değerlendirilir:  
a) TÜBİTAK tarafından ihtiyaç duyulması halinde ilave bilgi ve belgeler de istenilmek suretiyle söz konusu başvuruyu incelemek üzere konusunda uzman en az iki akademisyen hakem olarak görevlendirilir.  
b) Hakemler tarafından, başvuruya ilişkin incelemeler doğrultusunda değerlendirme raporları hazırlanır.  
c) TÜBİTAK tarafından, değerlendirme raporları dikkate alınarak, projenin yeni bilgi ve teknoloji arayışına yönelik olup olmadığına ilişkin sonuç yazısı hazırlanır.  
- Projeye ilişkin sonuç yazısı, ekinde değerlendirme raporları olacak şekilde, projeye ilişkin başvurunun Bakanlık tarafından TÜBİTAK’a gönderildiği tarihten itibaren en geç 60 gün içinde Bakanlığa iletilir.  
- İnceleme ve değerlendirmeye ilişkin giderler TÜBİTAK tarafından karşılanır.  
- Sonuç yazısının bir örneği başvuru sahibine Bakanlık tarafından gönderilir. Başvuru sahibi, olumlu sonuç yazısının bir örneğini gelir veya kurumlar vergisi yönünden bağlı bulunduğu vergi dairesine verir.  
- Projeye ilişkin bütçe, süre, personel ve benzeri değişiklik talepleri ile ilgili tüm işlemler Bakanlık onayına tabidir. Bakanlık tarafından gerekli görülmesi halinde bu konularda TÜBİTAK’ın görüşü alınabilir.  
- 3/A maddesi çerçevesinde Ar-Ge indiriminin uygulanmasında, bu bölümde yer alan hususlar dikkate alınmak suretiyle, 5746 sayılı Kanun ile Yönetmeliğin Ar-Ge indirimine ilişkin 8 ve 9. Maddelerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projeleri ile ilgili yer alan hüküm ve açıklamalar dikkate alınır.  
- 3/A maddesi kapsamında alınan hibeler, vergiye tabi kazancın tespitinde gelir, Ar-Ge indirimi tutarının tespitinde de Ar-Ge harcaması olarak dikkate alınmaz.  
Böylece, 3/A maddesi çerçevesinde projesi onaylanan işletmeler de, yukarıdaki açıklamalar çerçevesinde Ar-Ge indiriminden yararlanacaklardır. Tasarım projeleri 3/A maddesi kapsamında değerlendirilmez.

SMMM – ARGE VE TEKNOKENT UZMANI